税理士 佐藤充宏
令和3年度税制改正により、電子帳簿保存法の改正が令和4年1月1日から施行されます。
これに伴い、電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存をする事が必要になりますが、会社によっては、その法令上の要件を満たしていない場合には
どのようになるのでしょうか。
例えば、
・電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存要件を満たしていない場合
・電磁的記録を出力した書面等で保存している場合
です。
これらの場合には、法律上の要件を満たしていないため、気になる点があります。
それが、
・青色申告の承認取り消し
・税務調査の対応 等
です。
そこで、今回は、国税庁ホームページに掲載されている一問一答を参考にしながらご案内します。
まずは、電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存について、電子帳簿保存法ではどのように規定されているのかをみていきます。
目次
電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存に関する法令
電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律 ※最終改正日：令和03年03月31日
第7条 電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存
所得税（源泉徴収に係る所得税を除く。）及び法人税に係る保存義務者は、電子取引を行った場合には、財務省令で定めるところにより、
当該電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない。
このように、電子取引を行った場合には、所定の要件に基づき、その電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない事とされています。
次に、青色申告の承認とその承認の取り消しについてみていきますが、今回は内国法人の場合です。
内国法人の青色申告の承認の申請に関する法令
法人税法 ※最終改正日：令和03年03月31日
第122条 青色申告の承認の申請
当該事業年度以後の各事業年度の前条第1項各号に掲げる申告書を青色の申告書により提出することについて同項の承認を受けようとする内国法人
（連結申告法人を除く。）は、当該事業年度開始の日の前日までに、当該事業年度開始の日その他財務省令で定める事項を記載した申請書を
納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
2 前項の場合において、当該事業年度が次の各号に掲げる事業年度に該当するときは、同項の申請書の提出期限は、同項の規定にかかわらず、
当該各号に定める日の前日とする。
一 内国法人である普通法人又は協同組合等の設立の日の属する事業年度
同日以後3月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
二 内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の新たに収益事業を開始した日の属する事業年度
同日以後3月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
三 公益法人等（収益事業を行つていないものに限る。）に該当していた普通法人又は協同組合等の当該普通法人又は
協同組合等に該当することとなつた日の属する事業年度
同日以後3月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
四 内国法人である普通法人若しくは協同組合等の設立の日、内国法人である公益法人等若しくは人格のない社団等の
新たに収益事業を開始した日又は公益法人等（収益事業を行つていないものに限る。）に該当していた普通法人若しくは協同組合等の
当該普通法人若しくは協同組合等に該当することとなつた日（以下この号において「設立等の日」という。）から
前3号に規定する事業年度終了の日までの期間が3月に満たない場合における当該事業年度の翌事業年度
当該設立等の日以後3月を経過した日と当該翌事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
五 内国法人が第4条の5第2項第4号又は第5号（連結納税の承認の取消し）の規定により第4条の2（連結納税義務者）の承認を取り消された場合
（連結親法人事業年度（第15条の2第1項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。第8号において同じ。）開始の日に
当該承認を取り消された場合を除く。）におけるその取り消された日の前日の属する事業年度
当該事業年度終了の日の翌日から2月を経過する日（残余財産の確定の日の属する事業年度にあつては、当該事業年度終了の日の翌日から1月を経過する日（
当該翌日から1月以内に残余財産の最後の分配又は引渡しが行われる場合には、その行われる日の前日）とする。以下この項及び第125条
（青色申告の承認があつたものとみなす場合）において同じ。）
六 内国法人が第4条の5第2項各号の規定により第4条の2の承認を取り消された場合におけるその取り消された日（以下この号及び次号において「取消日」という。）
の属する事業年度 当該取消日以後3月を経過した日と当該事業年度終了の日の翌日から2月を経過する日とのうちいずれか早い日
七 前号の内国法人の同号に掲げる事業年度開始の日からその終了の日までの期間が3月に満たない場合における当該事業年度後の各事業年度
（取消日以後3月を経過する日までに開始するものに限る。）
当該取消日以後3月を経過した日と当該各事業年度終了の日の翌日から2月を経過する日とのうちいずれか早い日
八 第4条の5第3項の承認を受けた内国法人の当該承認を受けた日の属する連結親法人事業年度の翌事業年度
当該翌事業年度開始の日以後3月を経過した日と当該翌事業年度終了の日とのうちいずれか早い日
青色申告の承認の取り消しに関する法令
法人税法 ※最終改正日：令和03年03月31日
第127条 青色申告の承認の取消し
第121条第1項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき次の各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、
当該各号に定める事業年度まで遡つて、その承認を取り消すことができる。この場合において、その取消しがあつたときは、
当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、
青色申告書以外の申告書とみなす。
一 その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が前条第1項に規定する財務省令で定めるところに従つて行われていないこと 当該事業年度
二 その事業年度に係る帳簿書類について前条第2項の規定による税務署長の指示に従わなかつたこと 当該事業年度
三 その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し、
その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること 当該事業年度
四 第74条第1項（確定申告）の規定による申告書をその提出期限までに提出しなかつたこと 当該申告書に係る事業年度
2 第121条第1項の承認を受けた内国法人につき、第4条の5第1項（連結納税の承認の取消し）の規定により
第4条の2（連結納税義務者）の承認が取り消された場合には、納税地の所轄税務署長は、その取り消された日の前日
（当該前日が連結事業年度終了の日である場合には、その取り消された日）の属する事業年度まで遡つて、第121条第1項の承認を取り消すものとする。
3 第1項後段の規定は、前項の場合について準用する。
4 税務署長は、第1項又は第2項の規定による取消しの処分をする場合には、第1項又は第2項の内国法人に対し、書面によりその旨を通知する。
この場合において、その書面には、その取消しの処分の基因となつた事実が第1項各号又は第2項のいずれに該当するかを付記しなければならない。
なお、上述は、今回ご案内する参考法令の一部ですが、青色申告の承認の取り消しに関しては、帳簿書類の備付け、記録又は保存等が法令に従っていない場合が
記載されています。
そのため、青色申告の承認の取り消しが気になる点の一つです。
電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存要件を満たさない保存の青色申告承認との関連について
関連法令からは、災害等による事情がなく、電子取引の取引情報に係る電磁的記録について要件を満たさず保存している場合や、
その電磁的記録の保存に代えて書面出力を行っていた場合は、保存すべき電磁的記録の保存がなかったものとなります。
そのため、青色申告の承認の取消の対象となり得ますが、この青色申告の承認の取消しについては、違反の程度等を総合勘案の上、
その取り消しの適用を判断する事とされています。
そして、その電磁的記録を一定要件に従って保存していない場合やその電磁的記録を出力した書面等を保存している場合については、その電磁的記録や出力した書面等は、
国税関係書類以外の書類とみなされません。
また、税務調査では、その申告内容の適正性等に関してについては、納税者からの追加的な説明や資料提出、取引先の情報等を総合勘案して確認し、その他、
状況によっては、別途対応が必要になる事が想定されます。
まとめ
電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存要件を満たしていない場合や電磁的記録を出力した書面等で保存している場合には、青色申告の承認の取り消しとなる場合が
あり、また、税務調査においても、追加資料の提出や追加説明、取引先等の関係者からの情報等が必要となる場合がありますので、
必ず、事前に法令上の要件を満たしているのかを確認し、法律上の要件に従った運用をしましょう。
出典参考資料：
国税庁
問42 電子取引の取引情報に係る電磁的記録について保存要件を満たして保存できないため、全て書面等に出力して保存していますが、
これでは保存義務を果たしていることにはならないため青色申告の承認が取り消されてしまうのでしょうか。
また、その電磁的記録や書面等は税務調査においてどのように取り扱われるのでしょうか。
